多开worktree进行开发的话，合并时 Session 会有冲突

### Bug Description

多开worktree进行开发的话，合并时 Session 记录不一致导致冲突

### Steps to Reproduce

在codex中使用codex的worktree功能，并行多个任务进行开发
开发完成后进行合并时提示 Session 文件冲突 

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### Trellis Version

0.6.6

### Node.js Version

v24.15.0

### Operating System

macOS